Virologi dan Taksonomi Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus

Telah ditemukan jenis coronavirus baru pada manusia (novel human coronavirus emerged) pada tahun 2012 dan virus ini dinamakan dengan Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). Penyakit ini telah menjadi pusat perhatian dunia karena tingginya tingkat kematian yang disebabkan oleh MERS-CoV. Penyakit ini tentunya dapat berpotensi menjadi epidemi global. Banyak para ahli sampai saat ini masih melakukan penelitian lebih detail mengenai ekologi virus ini.

Sampai saat ini negara yang terkena dampak dari kasus MERS-CoV yaitu: Timur Tengah termasuk Yordania, Kuwait, Oman, Qatar, Arab Saudi, Uni Emirat Arab (UEA) dan Mesir. Negara Eropa yang terkena dampak yaitu: Perancis, Jerman, Italia, Inggris ( UK ) dan Yunani serta di Afrika Utara yaitu Tunisia. Sedangkan negara Asia yang terkena dampak dari penyakit ini yaitu Malaysia dan Pilipina. Sampai dengan tanggal 30 April 2014, total jumlah kasus MERS-CoV yang dilaporkan terjadi di berbagai negara di dunia yaitu berjumlah 424 kasus dengan jumalah kematian sebanyak 131 orang. Semua kasus yang terjadi memiliki hubungan atau kaitannya dengan kasus yang terjadi di Timur Tengah. Kasus yang terjadi di luar Negara Timur Tengan, berkaitan dengan pasien yang baru melakukan perjalanan dari daerah tempat kasus infeksi terjadi. Di Indonesia juga telah dilaporkan terjadi kasus MERS-CoV yaitu pada seorang WNI asal Makasar yang baru menjalankan ibadah umroh di Arab Saudi dan saat ini pasien sedang dalam perawatan intensif. Kita harus tetap waspada terhadap penyakit ini meskipun belum ada kasus kematian akibat dari MERS-CoV di Indonesia. Hal ini terutama bagi WNI yang melakukan perjalanan ke Timur Tengah ataupun menjalankan ibadah umroh atau haji di Arab Saudi. Berikut ini akan dijelaskan mengenai virologi dan taksonomi dari MERS-CoV

Virologi dan Taksonomi MERS-CoV

MERS-CoV merupakan jenis coronavirus baru pada manusia yang termasuk ke dalam Betacoronavirus dan memiliki kesamaan famili dengan virus yang disebabkan oleh SARS. Virus ini erat kaitannya dengan coronavirus asal kelelawar (HKU4, HKU5) dan sama seperti SARS kemungkinan virus ini berasal juga dari kelelawar. Pengujian pada sampel pernafasan dari pasien pertama menunjukkan bahwa, adanya efisiensi replikasi virus dalam sel liner monyet. Selain dari SARS, coronavirus lainnya tidak mereplikasi virus secara efektif pada media ini. Pengujian dengan indirect immunofluorescence dan real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) terhadap virus pernafasan termasuk influenza, parainfluenza, respiratory syncytial virus, adenovirus, human metapneumovirus, dan paramyxoviruses menunjukkan hasil negatif , tetapi pengujian PCR terhadap famili coronavirus menunjukkan fragmen yang diharapkan. Sequencing genom virus dan kemudian diikuti analisis filogenik menunjukkan MERS-CoV dalam genus Betacoronavirus dari garis keturunan (lineage) C, sedangkan SARS termasuk ke dalam keturunan (lineage) B.

Coronavirus termasuk ke dalam ordo Nidovirales, famili Coronaviridae dan subfamili Coronavirinae serta terdiri atas empat genus yaitu Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Deltacoronavirus and Gammacoronavirus. Taxonomi dari virus ini berdasarkan pada hubungan dan selanjutnya sebagian besar telah didukung oleh sequencing gen. Coronavirus manusia memiliki dua genus yaitu Alphacoronavirus dan Betacoronavirus. HCoV-229E dan HCoV-NL63 termasuk ke dalam genus Alphacoronavirus. Genus Betacoronavirus terdiri atas empat garis keturunan yaitu A sampai D. SARS-CoV termasuk ke dalam garis keturunan (lineage) B, sedangkan HCoV-OC43 dan HCoV-HKU1 termasuk ke dalam garis keturunan (lineage) A. Coronavirus kelelawar (BtCoV) termasuk ke dalam keturunan (lineage) C dan D dari Betacoronavirus.

Data sequencing telah menunjukkan bahwa temuan coronavirus manusia yang keenam yaitu MERS-CoV termasuk ke dalam Betacoronavirus keturunan (lineage) C. Berdasarkan RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), isolat yang berasal dari kelelawar BtCoV/8-724/Pip_pyg/ROU/2009 menunjukkan bahwa 98% identik terhadap MERS-CoV. Pada pohon filogenik, MERS-CoV dengan jelas dikelompokan pada garis keturunan (lineage) C dari Betacoronavirus dan relatif dekat dengan BtCoV/133/2005 dan BtCoV HKU4-2 yang memiliki S1 identitas sekuen asam amino (S1 amino acid sequence identity) tertinggi terhadap MERS-CoV (60%). Namun, identitas sekuen asam amino terhadap MERS-CoV lebih tinggi (hingga 94%) ketika RdRp dari BtCoV HKU5 dan BtCoV HKU5-3 dibandingkan. Menariknya, Beta CoV/KW2E-F93/Nyc_spec/GHA/2010 memiliki S1 identitas sekuen asam amino terhadap MERS-CoV sebesar 40% dan RdRp identitas sekuen asam amino terhadap MERS-CoV sebesar 92% (Gambar 1). Temuan ini menunjukkan bahwa, genotyping berdasarkan gen polimerase harus diikuti dengan konfirmasi berdasarkan S1 genotyping (Gambar1 dan 2). Hubungan filogenik sekuen MERS-CoV Arab Saudi menunjukkan bahwa virus ini dibagi menjadi dua clade utama yaitu: clade A yang terdiri atas EMC/2012 dan Jordan-N3; dan clade B yang terdiri atas Munich/AbuDhabi, Inggris-Qatar, Riyadh-3, Bisha-1, Riyadh-1 klaster, Hafr-Albatin 1, Riyadh-2, Buraidah-1 dan England2-HPA. Adapun ringkasan taksonomi dari MERS-CoV yaitu sebagai berikut:

Gambar 1 Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) yang dilihat menggunakan mikroskop elektron

 

 

Sumber:

Abdel-Moneim AS. 2014. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV): evidence and speculations. Arch Virol: 16 Januari 2014.

Annan A, Baldwin HJ, Corman VM, Klose SM, Owusu M, Nkrumah EE, Badu EK, Anti P, Agbenyega O, Meyer B, Oppong S, Sarkodie YA, Kalko EK, Lina PH, Godlevska EV, Reusken C, Seebens A, Gloza-Rausch F, Vallo P, Tschapka M, Drosten C, Drexler JF. 2013. Human Betacoronavirus 2c EMC/2012-related Viruses in Bats, Ghana and Europe. Emerg Infect Dis 3: 456-459.

[ECDC] European Center for Disease Prevention and Control. 2014. Epidemiological update: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV). http://www.ecdc.europa.eu[13 Mei 2014].

Detiknews. 2014. WNI Asal Makassar Terjangkit Virus MERS di Arab Saudi. http://news.detik.com[13 Mei 2014].

Lim PL, Lee TH, Rowe EK. 2013. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV): update 2013. Curr Infect Dis Rep. DOI 10.1007/s11908-013-0344-2.

McIntosh K, Kapikian AZ, Hardison KA, Hartley JW, Chanock RM. 1969. Antigenic relationships among the coronaviruses of man and between human and animal coronaviruses. J Immunol 102: 1109-1118.

Pensaert MB, Debouck P, Reynolds DJ. 1981. An immunoelectron microscopic and immunofluorescent study on the antigenic relationship between the coronavirus-like agent, CV 777, and several coronaviruses. Arch Virol 68: 45-52.

Press TV. 2013. First case of MERS virus infection diagnosed in UAE. http://www.presstv.ir[13 Mei 2014].